Pierwsza linia kolejowa do Bydgoszczy otwarta została w 1861 roku. Do osłony otwartej w 1869 roku linii do Warszawy
(przecinającej granicę prusko- rosyjska w pobliskim Otłoczynie), powstał zbudowany w latach 1864-67 Fort Kolejowy, przebudowany w latach 80-tych XIX wieku.
Dworzec główny (Haupt Bahnhof) powstał na lewym brzegu Wisły w dzielnicy Podgórze na przełomie lat 60-tych i 70-tych XIX wieku.
W latach 1870-73 powstał nowy ważny element twierdzy - most drogowo-kolejowy przez Wisłę (obecnie kolejowy) -
na przyczółkach umieszczono wieże ozdobione rzeźbami i płaskorzeźbami (figurami mistrzów krzyżackich: wielkiego Hermana von Salza i krajowego Hermana Balka oraz władców Niemiec: esarza Wilhelma I i króla Fryderyka II)
, a wjazdu od strony miasta i na Kępę Bazarową broniły dwie pary blokhauzów. W wieżach znajdowały się komory minowe do założenia ładunków wybuchowych.
W 1873 otwarto linię do Olsztyna, Insterburga (Wystrucia) i Królewca.
W związku z tym zbudowano nowy przystanek kolejowy na prawym brzegu Toruń-Miasto (Thorn-Stadt) między rdzeniem twierdzy, a Fortem św. Jakuba.
W latach 1873-75 w związku z rozbudową linii kolejowych (m.in. na pd-zachód do Poznania) zredukowano umocnienia przyczółka mostowego
(rozbudowano dworzec kolejowy na jego obszernym dziedzińcu). Kolejny przystanek Toruń-Mokre (Mocker) powstał na pn-wsch.
od miasta na północnej linii do Grudziądza, Kwidzyna i Malborka. Przystanki rozbudowano w dworce kolejowe kilka lat później (Toruń-Mokre 1882-83).
Most kolejowy został wysadzony we wrześniu 1939 roku, odbudowany w 1940 i zniszczony przez Niemców w 1945 roku. Powojenna odbudowa zakończyła się w 1948 roku.
Most ma długość 972 metrów.
Następny most toruński (drogowy) zbudowano w latach 1927-32, a otwarto w 1934. Powstał z elementów rozebranego mostu wiślanego z miejscowości Opalenie (Münsterwalde) koło Kwidzyna. Historię przepraw drogowych w Toruniu można znaleść
tu, opis budowy mostu drogowego -
tu.
Stan obecny:
Istnieją pary wież (rzeźby usunięto po odzyskaniu niepodległości w latach 20-tych XX wieku, wieże obniżono w latach 50-tych XX wieku) i blokhauzów na prawym brzegu.
Istnieją też blokhauzy na Kępie Bazarowej.